KKP mempunyai tugas melaksanakan pencegahan masuk dan keluarnya penyakit, penyakit potensial wabah, surveilans epidemiologi, kekarantinaan, pengendalian dampak kesehatan lingkungan, pelayanan kesehatan, pengawasan OMKABA serta pengamanan terhadap penyakit baru dan penyakit yang muncul kembali, bioterorisme, unsur biologi, kimia dan pengamanan radiasi di wilayah kerja bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara. (Permenkes No. 356 Tahun 2008)

Dalam melaksanakan tugas KKP menyelenggarakan fungsi:

1. pelaksanaan kekarantinaan;
2. pelaksanaan pelayanan kesehatan;
3. pelaksanaan pengendalian risiko lingkungan di bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara;
4. pelaksanaan pengamatan penyakit, penyakit potensial wabah, penyakit baru, dan penyakit yang muncul kembali;
5. pelaksanaan pengamanan radiasi pengion dan non pengion, biologi, dan kimia;
6. pelaksanaan sentra/simpul jejaring surveilans epidemiologi sesuai penyakit yang berkaitan dengan lalu lintas nasional, regional, dan internasional;
7. pelaksanaan, fasilitasi, dan advokasi kesiapsiagaan dan penaggulangan Kejadian Luar Biasa (KLB) dan bencana bidang kesehatan, serta kesehatan matra termasuk penyelenggaraan kesehatan haji dan perpindahan penduduk;
8. pelaksanaan, fasilitasi, dan advokasi kesehatan kerja di lingkngan bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara;
9. pelaksanaan pemberian sertifikat kesehatan obat, makanan, kosmetika, dan alat kesehatan serta bahan adiktif (OMKABA) ekspor dan mengawasi     persyaratan dokumen kesehatan OMKABA impor;
10. pelaksanaan pengawasan kesehatan alat angkut dan muatannya;
11. pelaksanaan pemberian pelayanan kesehatan di wilayah kerja bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara;
12. pelaksanaan jejaring informasi dan teknologi bidang kesehatan bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara;
13. pelaksanaan jejaring kerja dan kemitraan bidang kesehatan di bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara;
14. pelaksanaan kajian kekarantinaan, pengendalian risiko lingkungan, dan surveilans kesehatan pelabuhan
15. pelaksanaan pelatihan teknis bidang kesehatan bandara, pelabuhan, dan lintas batas darat negara;
16. pelaksanaan ketatausahaan dan kerumahtanggaan KKP.